يدعي الأفغاني أنه سني ثم اثبت البحث بأدلة لأتقبل الشك أنه كان إيرانياً شيعياً خبيث . وزعم أنه شريف النسب حُسينُي الجد وهو زعم لم يقم عليه دليل . أما الأدلة على أنه إيراني شيعي فهي صريحة متعددة في كتاب الذي ألفه ابن أخته ميرزا لطف الله خان الذي قام أبنه بنشر الكتاب في برلين لأول مره سنه 1344هـ ثم ترجم الكتاب إلى العربية سنة 1959م تحت عنوان جمال الدين الأسد بادي . وقد أثبت المؤلف والمترجمان بأدلة كثيرة أن جمال الدين كان إيرانياً من أسد آباد بالقرب من همذان وكان شيعياً ولم يكن أفغانياً من أسعد أباد .. وأخفى أصله الإيراني لأنه كان يريد أن يُخفي تشيعه عن الناس في البلاد العثمانية التي تنقل فيها .. وثقافة جمال الدين الفلسفية وتوسعه في دراسة المنطق وعلم الكلام إلى جانب دراسة الفقه وعلم الأصول . هي الدراسة الشيعية التقليدية التي تُنمي ملكة الجدال وقوة الاستدلال وكان أمره مريب وأهدافه أيضا أن أكثر نشاطه كان سريا وهو أول من ادخل نظام الجمعيات السرية في مصر في العصر الحديث . وكان حيثما وجد يؤسس الجمعيات السرية وينشرها ومن الجمعيات التي أسسها 1- الحزب الوطني الحر في مصر 2- أسس جمعية مصر الفتاة وكان أغلب أعضائها من شبان اليهود 3- وأنشأ أثناء إقامته في الهند جمعية العروة الوثقى السرية التي امتد نشاطها إلى الشام ومصر والسودان وتونس وكان من أعضائها الأمير عبدا لقادر الجزائري وأنشأ محفلاً ماسونياً تابعا للشرق الفرنسي في مصر وكان يسكن في حارة اليهود