يهدف النظام إلى :
1 - تطوير آلية معادلة الشهادات العليا للحاصلين عليها من جامعات غير سعودية، لكافة الراغبين في الاستفادة من شهاداتهم والألقاب المرتبطة بها معنوياً أو مهنياً أو وظيفياً في القطاعين العام والخاص للسعوديين وغير السعوديين لمكافحة الشهادات المزورة والقضاء على الشهادات الوهمية والواهنة
2 - توثيق الشهادات للاستفادة منها لأغراض التوظيف والممارسة المهنية، والتصدي للجهات المشبوهة التي تقوم بترويج الشهادات الوهمية والمزورة وحماية الأفراد والمجتمع من هذه الجهات.
وينشئ بموجب النظام مركزاً يسمى المركز الوطني لمعادلة وتوثيق الشهادات العليا وهو مركز ذو شخصية اعتبارية، ويتمتع بالاستقلالية المالية والإدارية ويرتبط بوزير التعليم العالي.